第三季聚焦臭名昭著的犯罪組織"貓頭鷹法庭"逐漸浮出水面的過程，同時印第安山逃犯持續威脅城市安全。吉姆·戈登在追捕行動中被迫以賞金獵人身份行動，鎖定制造弗萊斯博士等怪物的印第安山實驗核心人物——科學家雨果·斯特蘭奇及其前實驗對象菲什·穆尼。警局方面，哈維·布洛克與新任警長納撒尼爾·巴恩斯在怪物橫行的哥譚市維持治安，后者因激進手段引發警隊內部分裂。布魯斯·韋恩在阿爾弗雷德和盧修斯協助下，逐步揭開父母謀殺案與哥譚犯罪結構的深層關聯。城市混亂中，企鵝人、謎語人等反派勢力持續擴張：塞琳娜繼承貓女衣缽，芭芭拉在雙重人格中掙扎，塔比莎與布奇組建犯罪家族。艾薇·佩珀在接觸印第安山變異體后獲得植物控制能力，成為新生代反派代表。瘋帽匠杰維斯·泰奇通過催眠實驗制造連環慘案，其扭曲的復仇計劃揭露了韋恩家族與哥譚黑暗歷史的隱秘聯系。各條故事線最終在貓頭鷹法庭精心策劃的城市清洗計劃中交匯，哥譚陷入前所未有的生存危機。