地球持續遭遇禍威獸侵襲，人類成立特殊怪獸應對部隊（禍特隊）展開防御。隨著禍威獸破壞規模升級，政府投入資源持續增加卻難以為繼。神秘巨人突然現身戰場，在擊退禍威獸的同時引發全球關注，其真實身份成為謎團。調查中發現巨人與已故超級英雄的關聯，并揭示外星文明通過操控禍威獸實施地球改造計劃。禍特隊與巨人展開合作，在對抗外星勢力的過程中逐步揭開人類存續的真相。最終通過犧牲與傳承，雙方在東京灣展開決戰阻止地球環境重置程序，巨人以光之形態完成使命消失于晨曦中。