進入了明治時代，曾經的“劊子手拔刀齋”緋村劍心（佐藤健飾）已經習慣了神谷道場的安寧生活。就在這一天，倒幕戰爭時的舊友——號稱維新三杰之一的大久保利通（宮澤和史飾）將其請去。原來繼承了劍心劊子手身份的志志雄真實（藤原龍也飾）當年被新政府背叛，僥幸活下來的志志雄正秘密籌措稱霸日本的可怕計劃。大久保死后，深感背負不可推卸責任的劍心只身上路，在途中偶遇京都女忍卷町操（土屋太鳳飾），還在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。與此同時，相樂左之助（青木崇高飾）、神谷薫（武井咲飾）、明神彌彥（大八木凱斗飾）、齋藤一（江口洋介飾）也相繼趕往京都。在志志雄主導的連環陰謀中，劍心與其爪牙展開激烈對抗，并最終與志志雄在燃燒的京都進行生死決斗，挫敗其顛覆政權的野心。這場正邪較量以劍心守護新時代和平而告終，延續了武士道精神與救贖之路。本片根據和月伸宏的經典漫畫原作改編。