故事發(fā)生在夏亞引領(lǐng)吉翁公國軍贏得一年戰(zhàn)爭的平行宇宙。這一歷史轉(zhuǎn)折點(diǎn)導(dǎo)致地球聯(lián)邦與吉翁公國的勢(shì)力格局劇變。在空中宇宙殖民衛(wèi)星生活的女高中生天手讓葉，與難民少女尼婭安相遇后被卷入非法MS決斗競技“軍團(tuán)戰(zhàn)”，她駕駛著神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中。該機(jī)體具備變形能力，可切換飛行器模式以適應(yīng)多種戰(zhàn)斗場景。而被通緝的神秘MS“高達(dá)”駕駛員修司伊藤也出現(xiàn)在她們面前，其真實(shí)身份是執(zhí)行破壞吉翁新型武器開發(fā)設(shè)施任務(wù)的聯(lián)邦軍情報(bào)局特工。自此，少女與少年在對(duì)抗體制壓迫的過程中逐漸理解彼此信念，在戰(zhàn)火中締結(jié)深厚羈絆，駕駛各自機(jī)體的他們最終聯(lián)手擊潰了企圖掌控“軍團(tuán)戰(zhàn)”地下組織背后的吉翁殘黨勢(shì)力，為宇宙世紀(jì)開啟了新的未來。