在被侵略者イルミダス占領(lǐng)的地球中，哈羅克（S-00999）、大山トチロー（S-00998）與エメラルダス（X-00001）駕駛阿爾卡迪亞號(hào)逃離后，以代號(hào)SSX遭全宇宙通緝。在持續(xù)遭到イルミダス軍追擊的過(guò)程中，他們與異星人ラ?ミーメ等同伴共同尋找傳說(shuō)中的理想鄉(xiāng)「アルカディア」。旅途中，地球少年物野正、少女レビ與有紀(jì)螢及船醫(yī)ドクター蠻陸續(xù)加入艦組。與此同時(shí)，イルミダス軍為建造超越阿爾卡迪亞號(hào)的戰(zhàn)艦，命令天才科學(xué)家Mr.ゾーン解析該船技術(shù)。隨著調(diào)查深入，Mr.ゾーン親自駕駛新型戰(zhàn)艦前往宇宙深處，并逐漸接近阿爾卡迪亞的真實(shí)存在。這場(chǎng)跨越星系的追尋與對(duì)抗，最終指向人類(lèi)存亡的關(guān)鍵抉擇——是否打破既定命運(yùn)循環(huán)，在宇宙中開(kāi)辟新的生存之道。