故事以只有女性能使用的世界最強(qiáng)兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心展開。由于IS的出現(xiàn)徹底顛覆了傳統(tǒng)戰(zhàn)爭格局，全球進(jìn)入女尊男卑的時代。男主角織斑一夏意外覺醒了操控IS的能力，成為全世界唯一能使用該武器的男性。這一特殊性使他被迫轉(zhuǎn)入專門培養(yǎng)IS操縱者的「IS學(xué)園」，在這所女性占絕對主導(dǎo)的學(xué)校里引發(fā)轟動。圍繞這位特殊存在的女生們不僅包括青梅竹馬的劍道少女、傲嬌的優(yōu)等生以及異國公主等各具特色的同伴，更因IS比試、日常互動產(chǎn)生接連不斷的校園喜劇事件。隨著學(xué)園祭和國際對抗賽等關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)的推進(jìn)，一夏在應(yīng)對少女們復(fù)雜心思的同時，也逐漸揭開IS真正起源與自身特殊性的關(guān)聯(lián)。