傳說中的國寶山椒魚竟然是冒牌貨！？被譽為國寶的爬蟲類生物大山椒魚又名「金次郎」，在1867年曾被第15代將軍德川慶喜帶往巴黎世界博覽會參展。由當時開始，照顧金次郎的責任一直由二宮家世代相傳，二宮家每年也會收到由政府發放、多達數十億元的「保護費」。一天，自稱「21世紀天才X光大師」的飛島芳一受到第二農響會長的委託，調查國寶金次郎的真偽，因為據說金次郎當年在展出期間曾經因意外導致骨折。與此同時，二宮家第四位千金Azuki收到被逐出家門的父親四郎的叮囑，要帶同金次郎離開二宮家到安全的地方尋找素未謀面的母親。在金次郎150歲生辰當天，二宮家盛大慶祝派對中，飛島芳一和Azuki相遇。飛島通過X光掃描發現金次郎骨骼存在修補痕跡，與當年巴黎展覽的骨折紀錄產生矛盾，而Azuki此行實為揭開二宮家守護百年謎團的關鍵。兩人攜帶金次郎展開逃亡，逐步逼近幕府時代流傳的驚人真相。