《國土安全第三季》承接第二季結尾的慘烈事件，Carrie與Saul在2013年9月29日開篇即面臨收拾CIA殘局的重任。前海軍陸戰隊員Nick Brody被確認為美國史上頭號恐怖嫌犯后，其自殺式襲擊在華盛頓引爆的危機持續發酵，不僅導致Carrie因精神狀態問題被迫暫離崗位，更令Saul在權力中心陷入孤立無援的境地。政界與媒體對情報部門的信任危機持續升級，二人被迫在追查后續威脅的同時接受內部審查。與此同時，Brody的遺體被秘密運往伊朗引發外交風波，其家人因身份曝光陷入生存危機——女兒Dana遭激進組織綁架，妻子Jessica在逃亡中意外喪生。最終調查雖證實Brody確為雙重間諜但已遭利用，其英雄身份徹底崩塌。Carrie與Saul因情報泄露問題被迫辭去職務，為這場牽動全球的反恐風暴畫下黯淡句點。