里見孝太郎是一位居住在房租低廉的可樂娜莊公寓106號(hào)房間的普通高中生，他的平靜生活因幽靈少女東本愿早苗的出現(xiàn)被打破。自稱寄宿于此的早苗試圖驅(qū)逐孝太郎失敗后，轉(zhuǎn)而與他形成特殊共存關(guān)系。隨后出現(xiàn)的侵略者包括古文明末裔倉野奇莉華、魔法少女虹野由莉佳和外星皇女提亞蜜思林，她們各自基于不同目的爭(zhēng)奪房間所有權(quán)——奇莉華肩負(fù)家族守護(hù)都市的使命，由莉佳為尋找魔王封印之地而來，提亞蜜思林則因時(shí)空扭曲意外降臨。隨著矛盾升級(jí)，眾人發(fā)現(xiàn)這些超自然現(xiàn)象實(shí)為神秘組織的實(shí)驗(yàn)所致。在共同對(duì)抗幕后黑手的過程中，孝太郎與少女們逐漸建立羈絆，并通過合作化解了房間即將被拆遷的危機(jī)，最終各自完成使命的同時(shí)也確認(rèn)了對(duì)這個(gè)特殊空間的情感聯(lián)結(jié)。