初音島風見學園新聞部部長森園立夏（新田惠海配音）在畢業季來臨之際，為應對非官方部的挑戰，決定以傳說中永不凋零的櫻花樹與魔法為主題籌辦特刊。作為新聞部唯一的男性成員，芳乃清隆（小野友樹配音）被委以重任，在調查過程中與溫柔體貼的芳乃夏露露（宮崎羽衣配音）、青梅竹馬的葛木姬乃（佐佐木未來配音）、傲嬌認真的瑠川紗羅（櫻咲千依配音）以及體弱內向的陽之下葵（海保繪果配音）共同探索學園秘辛。隨著對櫻花樹魔法真相的深入挖掘，眾人逐漸揭開與前作角色芳乃繪里等舊日羈絆相關聯的奇幻因果鏈，而這場跨越時空的情感糾葛最終通過畢業特刊的形式得以具象化呈現。