——雖然很突然，但世界已經滅亡了。1000年前一度毀滅的地球，由名為“Y”的傳說中的時鐘技師以時鐘裝置再構筑而成的世界。吊車尾高中生·見浦直人，與“Y”所留下的自動人偶琉珠，以及天才時鐘技師少女·瑪麗相遇了。當他們的能力相互咬合時，命運的齒輪開始轉動。不斷重復破裂與延命，將即將崩壞的地球（“時鐘機關之星”）修復的時鐘朋克·幻想??！