在《福音戰士新劇場版：Q》引發第三次沖擊的十年后，成為事件元兇的碇真嗣陷入精神崩潰狀態。曾經駕駛EVA初號機的少年如今形同廢人，在廢棄的NERV基地深處沉淪。隨著神秘少女明日香與渚薰的相繼出現，真嗣被迫直面被封印的記憶。人類補完計劃遺留的核心矛盾持續發酵，殘存的使徒威脅與舊日創傷相互纏繞。當新敵人突然襲擊東京-3時，真嗣必須重新啟動初號機，在綾波麗與葛城美里等舊識的協助下，直面自己作為"沖擊之子"的命運。這場跨越十四年的史詩終章里，少年最終選擇背負所有人的希望，在血色月光下駕駛機體沖向命運的終點，用自我獻祭的方式終結人類與使徒的永恒輪回。