繁華時尚的忍者島樂高小人安居樂業，卻屢遭邪惡魔頭加滿都（賈斯汀·塞洛克斯飾）入侵。英勇的幻影忍者團隊屢次擊退魔王，但綠色忍者勞埃德（戴夫·弗蘭科飾）因不知自己是加滿都之子的身份真相，長期遭受市民誤解與嘲諷。在父子身份揭曉后，勞埃德將對父親的復雜情感轉化為對抗邪惡的決心。當加滿都攜升級版軍團再度來襲時，勞埃德擅自啟動吳大師（成龍飾）封存的終極金武器，卻因失控能量引發島嶼崩塌危機。為阻止末日降臨，幻影忍者與加滿都達成危險同盟，在時空裂縫中展開生死競速。眾人通過破解古代符文謎題，最終喚醒被封印的原始元素之力，在父子血脈羈絆與團隊協作中逆轉乾坤，以犧牲與救贖重塑忍者島的和平秩序。