公元2030年，第四次世界大戰后的日本因持續戰亂接收大量難民以彌補勞動力缺口。此時名為"個別的十一人"的恐怖組織接連襲擊難民營、外國領事館并暗殺總理，引發社會動蕩。公安九課在追查中發現該組織與難民抵抗運動存在隱秘關聯，其新領導人正是曾參與創建"個別的十一人"的神秘人物。隨著調查深入，九課逐步揭露核心真相：日本國防省高官通過操控難民政策與恐怖襲擊制造假旗事件，旨在推動軍需產業擴張并轉移國內矛盾。面對多方勢力的角力與迫在眉睫的內戰危機，公安九課通過電子偵察與實地作戰相結合的方式，在阻止大規模武裝沖突的同時，將幕后黑手的罪行公之于眾，最終迫使政府重新審視難民政策與國家安全體系。