故事發(fā)生在東京八丈島近海，一座將全球各地警方監(jiān)控相連接的高科技設(shè)施——“太平洋浮標”即將啟動。為了與歐洲刑警組織管轄的范圍聯(lián)網(wǎng)，來自世界各地的工程師聚集在這里。基于人臉識別的全新“黑科技”也正在測試中。柯南一行人前往八丈島觀鯨，途中接到?jīng)_矢昴（赤井秀一）的緊急通報：歐洲刑警組織成員在德國遭琴酒殺害。為調(diào)查真相，柯南潛入“太平洋浮標”設(shè)施。正當工程師們展開系統(tǒng)啟動準備工作時，女工程師被黑暗組織綁架并奪走存有核心技術(shù)的U盤。此時水下傳來未知潛水艇逼近的聲音，灰原哀也遭遇神秘黑影威脅——黑暗組織意圖通過人臉識別系統(tǒng)鎖定其藏身之處。柯南與赤井秀一、安室透展開三方聯(lián)動調(diào)查，發(fā)現(xiàn)此次事件與《戰(zhàn)栗的樂譜》中出現(xiàn)過的敵對勢力存在關(guān)聯(lián)。最終通過破解潛水艇聲紋密碼，成功定位人質(zhì)位置并挫敗雙重陰謀，在拯救工程師的同時保護了灰原哀的身份安全。