故事發(fā)生在銀成學(xué)園中，邪惡煉金術(shù)士制造的人造生命體赫姆克魯斯在此肆虐，以吞噬人類(lèi)為生。平凡高中生武藤和樹(shù)（福山潤(rùn)配音）在營(yíng)救遭怪物襲擊的津村斗貴子（柚木涼香配音）時(shí)被殺害，身為煉金戰(zhàn)士的斗貴子以研發(fā)的"核鐵"替代其心臟將其復(fù)活。和樹(shù)由此獲得將右臂變化為突擊步槍的能力，成為對(duì)抗赫姆克魯斯的戰(zhàn)士。后續(xù)揭露學(xué)園地下實(shí)驗(yàn)室由煉金術(shù)士尼柯萊操控，其制造赫姆克魯斯的陰謀旨在通過(guò)吞噬人類(lèi)收集能量實(shí)現(xiàn)永生。斗貴子所屬的煉金戰(zhàn)士組織聯(lián)合覺(jué)醒后的武藤，最終在激烈戰(zhàn)斗中摧毀核心反應(yīng)堆終結(jié)威脅。和樹(shù)雖因核鐵產(chǎn)生變異風(fēng)險(xiǎn)，但成功維持人性完成使命，與同伴共同守護(hù)了人類(lèi)安全。