「超能力開發研究所」遭不明生命體突襲毀滅，10歲小雷與12歲紗綾香在混亂中逃脫。數月後，不明生命體再度現身追殺紗綾香，假面騎士Agito與G3-X聯手救援時，突然出現由警方秘密開發的強化裝備G4。該計畫因兩個月前藍圖遭竊而中止，其過度強大的力量會對穿戴者造成致命負荷。隨著三方激烈交戰，研究所實驗背後的真相逐漸浮現：未知生命體與Agito、G3-X的起源存在深層關聯，而小雷與紗綾香正是實驗的核心關鍵。最終Agito團隊在破解敵方目標的同時，成功瓦解了失控的G4裝備與不明生命體聯手造成的威脅。