主角大狼十三自小被組織撿養(yǎng)，并成為傳說級殺手。某次任務(wù)中，他遭到神秘生物兵器刺中，竟意外變回中學(xué)生的模樣，從此開始了國中生活。為躲避組織追查與生物兵器威脅，十三以新身份融入校園，在執(zhí)行暗殺任務(wù)與維持學(xué)生日常間艱難周旋。隨著調(diào)查生物兵器來源，他逐漸發(fā)現(xiàn)組織內(nèi)部暗藏的龐大實驗計劃，并在與同學(xué)互動中動搖了過往作為殺手的價值觀。最終，十三選擇以學(xué)生身份繼續(xù)生活，利用自身能力在暗處守護校園與身邊之人。