《魔女的法庭》講述了追名逐利的女檢察官馬東珠（鄭麗媛飾）與棄醫從文的菜鳥新手檢察官姜有燦（尹賢旻飾）聯手將以兒童和女性作為犯罪對象的罪犯繩之以法的故事。馬東珠原本執著于勝訴率與社會地位，在姜有燦堅持追求實質正義的態度影響下，逐漸轉變辦案理念。兩人通過調查性暴力案件、未成年人犯罪等敏感事件展開合作，過程中直面司法體系的結構性弊端，并與庇護權貴勢力的檢方高層產生沖突。劇情重點刻畫了主角團隊突破重重阻力收集證據的過程，最終成功將涉及多起惡性案件的核心犯罪網絡成員全部定罪。全劇通過典型司法案例探討了程序正義與實質正義的辯證關系，展現了檢察官職業倫理的成長軌跡。