在曠日持久的世界大戰(zhàn)后，城市中遍布著因不同原因接受機(jī)械化改造的"擴(kuò)張者"。科技公司貝琉連憑借戰(zhàn)爭(zhēng)對(duì)高科技兵器的需求迅速崛起，通過(guò)操控?cái)U(kuò)張技術(shù)成為壟斷勢(shì)力。隨著過(guò)剩擴(kuò)張者引發(fā)的社會(huì)危機(jī)加劇，政府成立EMS（擴(kuò)張者對(duì)策局）與貝琉連形成制衡。故事圍繞頭部為左輪手槍的過(guò)剩擴(kuò)張者乾十三展開(kāi)，他以"處理屋"身份承接各類(lèi)擴(kuò)張者案件。某次涉及貝琉連秘密實(shí)驗(yàn)的綁架案，意外牽扯出乾十三作為該公司初代實(shí)驗(yàn)體的身份真相。隨著貝琉連非法改造人類(lèi)的陰謀逐步曝光，乾十三在搭檔兼EMS特工七尾彌生的協(xié)助下，揭露了企業(yè)利用記憶改寫(xiě)制造擴(kuò)張者的黑暗計(jì)劃。最終在與貝琉連特務(wù)部隊(duì)的對(duì)抗中，乾十三選擇繼續(xù)作為處理屋游走灰色地帶，在維護(hù)社會(huì)秩序與守護(hù)人性之間尋找平衡。