每四年一屆的體育界最大盛事——世界體育大會（世體會，WSG）即將在日本東京舉行，屆時(shí)時(shí)速達(dá)到驚人的1000公里的真空超導(dǎo)磁懸浮列車也將與世人見面。在世體會贊助商壯行會上，主辦方宣布除了贊助方和嘉賓外，還將通過抽簽的方式選出該列車首批榮幸之至的乘客。得到消息后，少年偵探團(tuán)的各位躍躍欲試，殊不知意想不到的是突然發(fā)生。在壯行會上，許多高層領(lǐng)導(dǎo)接連遭到綁架。危急關(guān)頭，柯南與赤井秀一先后投入了與幕后真兇爭分奪秒的抗?fàn)幹?。隨著調(diào)查深入，兩人發(fā)現(xiàn)這起連環(huán)綁架案與三十年前導(dǎo)致赤井家族分裂的"微波爐研發(fā)事件"存在關(guān)聯(lián)，而綁架者的真實(shí)身份指向了曾被該實(shí)驗(yàn)摧毀家庭的外籍科學(xué)家父女。當(dāng)所有線索最終匯聚至真空超導(dǎo)磁懸浮列車時(shí)，柯南與FBI小組必須在列車以千公里時(shí)速發(fā)車前解除其搭載的電磁脈沖炸彈威脅，同時(shí)救出被困于地下設(shè)施的人質(zhì)。通過工藤優(yōu)作提供的關(guān)鍵推理與赤井家族成員的默契配合，柯南最終在列車啟動瞬間識破偽裝成贊助商的主謀，并借助磁懸浮軌道的特殊構(gòu)造成功瓦解了這場精心策劃的復(fù)仇陰謀。