青井和哉因姐姐和葉被異次元體NOVA殺害而進(jìn)入杰尼提克斯學(xué)院，這所專門培養(yǎng)對抗NOVA戰(zhàn)士的學(xué)校將學(xué)員分為女性戰(zhàn)斗者“潘多拉”與男性輔助者“制御者”。在學(xué)院中，和哉邂逅了包括最強(qiáng)潘多拉莎緹萊薩、傲嬌少女嘉涅沙、西藏轉(zhuǎn)學(xué)生拉娜林沁在內(nèi)的多位實(shí)力強(qiáng)大的女性戰(zhàn)士，并意外與莎緹萊薩結(jié)成搭檔。隨著戰(zhàn)斗訓(xùn)練的深入，和哉逐漸接觸到潘多拉通過“限定解放”提升戰(zhàn)力卻加速自身瓦解的核心設(shè)定，同時(shí)發(fā)現(xiàn)姐姐之死與NOVA入侵存在深層關(guān)聯(lián)。在持續(xù)對抗異次元體的過程中，和哉通過提升制御者能力協(xié)助同伴突破極限，并逐步接近真相——NOVA實(shí)為地球文明遺民針對人類制造的凈化兵器，而和葉生前掌握的關(guān)鍵數(shù)據(jù)成為化解危機(jī)的核心。最終決戰(zhàn)中，莎緹萊薩與和哉以突破常規(guī)的融合技擊潰NOVA本源，同時(shí)揭開了學(xué)院高層為維持潘多拉體系而刻意掩蓋的殘酷事實(shí)。