經過上百萬年的進化，熊貓一族經歷了無數艱難險阻走到今天。雖然瀕臨滅絕的熊貓接受了人類的細心呵護，但一場史無前例的災難即將席卷它們的棲息地——狂風暴雨引發的洪水將毀滅熊貓族群。為挽救子孫命運，祖先們向熊貓菩薩（趙忠祥配音）求助，得知將有繼承智慧的超級熊貓降生拯救族群。森林中名叫潘迪（何炅配音）的小熊貓就此誕生，盡管尚不知曉自身使命，頑皮的他已開始經歷各種考驗。在祖先（李揚配音）冥冥指引下，潘迪逐漸結識伙伴并覺醒責任意識。隨著災難臨近，他最終領悟預言真諦，在眾熊貓協助下完成祖先托付的使命。