小智和皮卡丘在旅行中意外與厭惡人類的寶可夢波爾凱尼恩被神秘鎖鏈相連，被迫共同行動。與此同時，在以機關術聞名的阿佐特王國，大臣賈維斯盜取了傳說中的人造寶可夢瑪機雅娜。五百年前由該國工匠創造的瑪機雅娜體內蘊含能操控機械的"魂心"力量，賈維斯企圖借此奴役全國。波爾凱尼恩因人類曾背叛與瑪機雅娜的約定而對其充滿戒備，但在對抗賈維斯的過程中逐漸發現真相——當年瑪機雅娜為保護工匠們自愿封印自身，而波爾凱尼恩始終守護著沉睡的它。最終眾人合力粉碎賈維斯陰謀，瑪機雅娜耗盡魂心修復王國機械核心后化作零件消散，波爾凱尼恩則帶著人類與寶可夢應守承諾的信念繼續旅程。