某小村中學里對考古具有濃厚興趣的老師八部高史（竹中直人飾）與其學生月島令子（上野めぐみ飾）在研究過程中突然失蹤，引發校園恐慌與流言四起。行為古怪的考古學家稗田禮二郎（沢田研二飾）受八部邀請來到學校，在救助其子正雄（工藤正貴飾）時，意外發現八部考察古墓期間釋放了被封印的妖怪比留子。稗田通過自主研發的妖怪探測器，在夜晚與正雄潛入學校展開調查，證實比留子系《古事記》記載的初神伊耶那岐與伊耶那美之子，其復活后開始以古墓為中心向校園蔓延血腥災厄。正雄既擔憂父親安危又牽掛暗戀對象令子，隨稗田深入追查的過程中逐漸接近真相。影片根據諸星大二郎漫畫《妖怪ハンター》改編，以民俗傳說與現代校園為背景交織展開神秘事件。