公安九課少校草薙素子（坂本真綾配音）在休假期間突接巴特（松田健一郎配音）通報，西之內商業大廈遭恐怖分子襲擊并造成政府高官與企業巨頭遇害。行動中草薙指揮石川、波瑪、帕茲等隊員擊潰敵人，但自身意外感染神秘病毒。與此同時，新濱縣水壩突發爆炸案，刑警陀古薩（新垣樽助配音）傳喚涉事企業負責人沙特博士時遭遇阻撓，對方系來自戰亂國卡森共和國的卡爾迪斯裔技術人員。后續情報顯示兩起案件均指向卡爾迪斯游擊隊，其通過網絡操控與實體襲擊的聯動，試圖揭露日本政府對卡森內戰期間生化武器實驗的技術包庇。草薙的病毒感染引發神經網絡異常，迫使其加速完成義體化改造并深入追查真相。案件最終揭露跨國軍工企業與情報機構的黑箱交易，成為公安九課成立后首次直面國家暴力機器的標志性事件。本片改編自士郎正宗原作，為前傳"ARISE"三部曲的終章。