神秘的EVA零號機(jī)駕駛員綾波麗在與碇元度約定之時，來到NERV底層中央教條的紅色水池邊。她的命運似乎將在人類補完計劃中迎來終結(jié)時刻。危急關(guān)頭，葛城美里既要完成加持良治交代的"第二次浩劫"真相與"人類補完計劃"探查任務(wù)，又需保護(hù)碇真嗣與明日香，并防備SEELE對初號機(jī)、二號機(jī)的物理接觸。出于對碇元度的憎恨，赤木律子接受SEELE引爆MAGI系統(tǒng)的提案，但最終被SEELE操控的自衛(wèi)隊擊斃。長期與SEELE共事的碇元度、冬月耕造及碇唯所謀劃的"人類補完計劃"在多重勢力博弈中推進(jìn)：真嗣啟動初號機(jī)引發(fā)第三次浩劫，導(dǎo)致人類靈魂統(tǒng)一于莉莉絲之卵。當(dāng)真嗣在精神領(lǐng)域目睹母親靈魂后，最終拒絕延續(xù)計劃，在明日香與綾波麗的陪伴下選擇讓人類繼續(xù)以肉體形式存續(xù)。