Alex與伙伴們因意外變小后，在康尼島游樂園展開全新冒險。面對體型縮小帶來的危機，Alex通過挑戰過山車證明了小型化的優勢，并意外發現游樂園地下隱藏著針對動物的秘密實驗室。為阻止反派利用縮小技術控制野生動物的陰謀，這群小體型伙伴借助敏捷性潛入核心區域，在人類世界與反派展開周旋。過程中，他們不僅突破物理限制完成高難度任務，還意外發現縮小狀態能更敏銳感知自然生態的細節。最終通過團隊協作與智慧較量，成功摧毀實驗室設備并恢復原體型，同時領悟到不同形態都有其獨特價值。這段經歷讓伙伴們學會以新視角看待自我與世界的關系，在回歸紐約動物園后開啟了更具包容性的生態保護行動。