《Fate/kaleidliner魔法少女伊莉雅2wei》承接第一季回收卡片作戰(zhàn)結(jié)束數(shù)周后，主人公伊莉雅回歸普通校園生活。突如其來(lái)的危機(jī)打破平靜——魔法紅寶石失控分裂出黑色鏡像，誕生與伊莉雅容貌相同的敵對(duì)存在"二世"。為奪取卡片力量，二世率領(lǐng)強(qiáng)化型魔法使從平行次元展開(kāi)追殺，導(dǎo)致現(xiàn)實(shí)與鏡像世界產(chǎn)生融合異變。伊莉雅被迫重組魔法少女小隊(duì)，攜手美游、藤村大河等人對(duì)抗次元侵蝕。隨著戰(zhàn)斗升級(jí)，鏡像世界因過(guò)度使用卡片瀕臨崩毀的真相逐漸浮現(xiàn)。最終眾人通過(guò)修復(fù)次元裂隙，將失控的魔法力量重新封印于紅寶石核心，成功阻止兩個(gè)世界的湮滅性融合。