第1集 顛覆地球 HERRENVOLK Smith帶Mulder來到一片培育花粉的人工種植地，Mulder見到了還是小時候模樣的Samantha，賞金殺手隨后追到，帶走了Smith。Scully發現每個人都利用接種的天花疫苗被編號了。 第2集 靈異照片 UNRUHE 一個會心靈照相術的人在殘忍的綁架殺害婦女。他綁走了Scully。Mulder根據相片救出了Scully。 第3集 故鄉 HOME 一個通過亂倫來保持血統純正的家族，不惜以殺人來保護家族不被侵犯。 第4集 非洲邪靈 TELIKO 失落的非洲部落一名成員來到美國，他通過吸取他人身上的黑色素來維持身體的顏色存活。 第5集 前世今生 THE FIELD WHERE I DIED FBI破獲一邪教組織，Mulder覺得其中一女的前世是他的丈夫。他還去催眠想起好幾個前世的身份。 第6集 整型專家 SANGUINARIUM 一個整形醫生是個巫師，他渴望完美的外表，通過定期殺死特定生日的病人來完成換外表的儀式。 第7集癌人秘辛 MUSINGS OF A CIGARETTE SMOKING MAN CSM成長的傳奇經歷。其實他想當個作家的。 第8集 偷心人 PAPER HEARTS 奇妙夢境指引Mulder找到一具小女孩的尸骨和一片衣服剪成的心，這是曾殺死13名幼女，現在獄中服刑的犯人John的風格。Mulder去見John，卻得知John也知道他妹妹的下落。Mulder相信他。 第9集 非常手段(上) TUNGUSKA 一塊通過外交渠道帶進美國的隕石中含有黑油。Mulder和Scully在一次線人提供線索的圍剿行動中抓到了Krycek。Mulder帶Krycek去到通古斯，卻被Krycek出賣做了俘虜，在牢里被感染了黑油。 第10集 非常手段(下) TERMA Mulder脅持Krycek逃跑。在林子里，Mulder受到幫助回了美國。Krycek被切掉了左胳膊。Scully因為隱瞞Mulder行蹤被帶上聽證會。Mulder及時趕回，兩人繼續去找隕石，但空手而歸。 第11集 紫雨 EL MUNDO GIRA 墨西哥的小村莊下了一陣紫雨，此后，凡是接觸到Eladio Buente的都奇怪的死亡了。人們傳說他就是墨西哥血鬼El Chupacabra。人們還傳說，他逃走后，小村莊出現了外星人。。。但Scully說，他是感染了一種來自外太空的霉菌。 第12集 婚禮 KADDISH 猶太新郎還沒娶上自己的新娘就被種族歧視的小P孩兒害死了。新娘的父親憤怒了，新娘悲傷了。她偷了父親的法書，用泥土復活了丈夫，完成了婚禮。 第13集 再見貝蒂 NEVER AGAIN Mulder趁著假期去看雜貨去了，甩下Scully一個人，讓她有機會去紋身，和一個男的喝酒過夜，破一個關于會說話的紋身的X檔案。 第14集 無頭尸奇案 LEONARD BETT 男護士LENONARD BETT在車禍中把頭削掉了，但后來又長出來了，還殺死了知道他復活的搭檔。原來他的身體基因變異能再生肢體，而且必須靠吃癌細胞為生??他后來想襲擊Scully。 第15集 我要活下去 MEMENTO MORI 原來Scully患了癌癥。Mulder嚇壞了，為了找治病的方法上天入地。Scully思考了好多東西。 第16集 復仇使者 UNREQUITED 一名越戰老兵學會了利用人眼對光線的敏感性質實現隱身，然后去殺死越戰時的幾名長官，因為他們在他做了戰俘的時候，下令放棄了他。 第17集 失蹤的九分鐘(上) TEMPUS FUGIT Scully過生日那天，一架客機墜毀了，乘客無一幸免，1X09的Max也在這架飛機上。MS發現機上乘客的表都丟失了九分鐘。進一步的調查表明，飛機的墜毀另有原因。在飛機墜毀地點附近的湖里，軍隊的人正在積極打撈著UFO的殘骸。 第18集 失蹤的九分鐘(下) MAX Pendrell 探員為Scully吃了一槍壯烈了。MS繼續調查墜機事件，原來Max在飛機上為Mulder帶來了alien存在的確鑿證據，但飛機半途被UFO劫持，意圖帶走Max，這時空軍攻擊了UFO，雙雙墜毀。Scully最后為Mulder送她的禮物，阿波羅13號鑰匙鏈賦予了深遠的意義。 第19集 回到過去 SYNCHRONY 在將來研究出人類實現時間旅行方法的科學家回到現在，想要殺死自己和相關的研究者，阻止時間旅行方法被發明。因為他認為沒有所謂未來的日子太恐怖了。 第20集 外星爹地 SMALL POTATOES 有個家伙受他爸爸的遺傳，身體肌肉能隨意變形成另一個人的模樣。他利用這個特點為鎮上生育有困難的夫婦帶來了“福音”。但他的孩子也繼承了他家的特點，有尾巴。Mulder和Scully來調查的時候，他變成了Mulder。 第21集 天花蜂 ZERO SUM Skinner受栽贓，被懷疑殺人。CSM一伙人在做用蜜蜂傳播天花病毒的實驗。Marita原來也是CSM的手下。 第22集 免于恐懼 ELEGY 智障Harold在保齡球館工作，一些在那里打球的女孩都被謀殺了。兇手是Harold所在診室的變態護士，因為她想扼殺Harold的幸福，通過殺死他喜歡的女孩。在這些女孩遇害時，Harold能看到這些女孩的靈魂。Scully也看到了一次。 第23集 惡魔 DEMONS Mulder夢到妹妹，夢到一個男人和自己的父母在爭執，然后在一個陌生的地方醒過來，忘記了自己曾經做過什么，身上都是血。在后來的調查中，他懷疑起自己親生父親的身份。 第24集 真相與謊言 GETHSEMANE 加拿大一座雪山里發現了alien的遺體。Mulder欣然前去調查。但一個叫Kritschgau人告訴Mulder，所有的發現和證據都是一個大騙局，根本沒有alien這回事。Mulder絕望了，舉槍自殺。