1999年長峰博士在赤道附近發現加歐斯變異種時，同步探測到日本西南海域存在卡美拉墓場。回溯至1995年東京，少女比良坂綾奈在加歐斯來襲時目睹父母死于卡美拉與怪獸的戰斗。四年后寄居鄉間的綾奈持續遭受校園暴力，某日在同學脅迫下進入供奉"柳星張"的神社搬運封印物，守部家后裔美雪通知其兄長龍成介入阻止。兩人發現封印解除處浮現神秘結晶體后逃離，當夜該物體化作邪神希波利特降臨人間。與此同時東京澀谷上空出現變異加歐斯群，被卡美拉從空中突襲擊墜。邪神覺醒引發全球性怪獸潮，柳星張封印體系崩解導致卡美拉墓場能量暴走。最終卡美拉在澀谷與希波利特展開決戰，綾奈目睹怪獸背甲浮現的父母臨終記憶后理解守護真相，卡美拉以生命為代價將邪神重新封印于地心。